Roedd ffwngladdiadau cynnar yn gyfansoddion anorganig, ymhlith y mae powdr sylffwr a pharatoadau copr (gweler cymysgedd Bordeaux) yn dal i gael eu defnyddio heddiw. Ym 1914, defnyddiodd I. Reem o'r Almaen gyfansoddion mercwri organig am y tro cyntaf i reoli smwt gwenith, gan nodi dechrau datblygiad ffwngladdiadau organig.
Ym 1934, darganfu WH Tisdale ac eraill yn yr Unol Daleithiau briodweddau bactericidal dimethyl dithiocarbamate. Ers hynny, mae ffwngladdiadau organig wedi dechrau datblygu'n gyflym. Mae tair prif gyfres o ffwngladdiadau sylffwr organig a ddatblygwyd yn y 1940au a'r 1950au: thirams, dysons (fel dysonau sinc) a trichloromethylthiodimethylcarboximides. Yn ogystal, mae clorin organig, mercwri organig, ffwngladdiadau arsenig organig hefyd wedi'u datblygu. Mae'r rhan fwyaf o'r ffwngladdiadau hyn yn gyfryngau amddiffynnol ac mae ganddynt gyfyngiadau o ran eu cymhwyso.
Ers y 1960au, mae mwy o fathau cemegol o ffwngladdiadau wedi dod i'r amlwg, a'r cynnydd pwysicaf yw dyfodiad ffwngladdiadau systemig.
Ym 1965, datblygodd Japan y ffwngleiddiad organoffosfforws Daobenjing. Ym 1966, datblygodd yr Unol Daleithiau wisterin. Yn 1967, datblygodd yr Unol Daleithiau benomyl. Ym 1969, datblygodd Japan thiophanate. Datblygwyd Tricyclazole yn yr Unol Daleithiau ym 1977, datblygwyd metalaxyl yn y Swistir, a datblygwyd triethylphosphate alwminiwm yn Ffrainc ym 1978. Mae'r asiantau systemig a gynrychiolir gan yr uchod wedi dod yn brif ffrwd datblygiad ffwngladdiad ers y 1970au. Ar yr un pryd, mae gwrthfiotigau amaethyddol wedi datblygu'n gyflym. Mae mercwri organig, arsenig organig, a rhai ffwngladdiadau clorin organig yn cael eu diddymu'n raddol oherwydd gwenwyndra neu lygredd amgylcheddol. Mae'r genhedlaeth newydd o asiantau systemig wedi ehangu'r farchnad ar gyfer ffwngladdiadau ymhellach oherwydd eu heffeithiau rheoli gwell. Erbyn yr 1980au, roedd mwy na 200 o fathau o ffwngladdiadau. Yn ôl yr arolwg, ym 1985, cyrhaeddodd gwerthiannau ffwngladdiadau yn y byd 2.54 biliwn o ddoleri'r UD, gan gyfrif am 18.4 y cant o gyfanswm gwerthiant plaladdwyr.
Ym 1984 , roedd gwerthiant asiantau systemig mewn ffwngladdiadau yn cyfrif am 44.2 y cant , ac roedd asiantau an-systemig yn cyfrif am 55.8 y cant . Am bron i hanner canrif, mae datblygiad ffwngladdiadau wedi canolbwyntio'n bennaf ar yr asiantau ar gyfer atal a thrin afiechydon ffwngaidd, tra bod ymchwil a datblygu asiantau ar gyfer atal a thrin afiechydon a achosir gan facteria a firysau yn dal yn annigonol. Ers y 1950au, mae Tsieina wedi datblygu ffwngladdiadau amddiffynnol yn bennaf. Ers y 1970au, mae wedi dechrau datblygu ffwngladdiadau systemig a gwrthfiotigau amaethyddol, ac mae wedi rhoi'r gorau i ddefnyddio cyfryngau mercwri organig. Oherwydd bod technoleg cymhwyso ffwngladdiadau yn gymharol gymhleth, nid yw'r cyflymder datblygu mor gyflym â phryfleiddiaid. Fodd bynnag, mae effaith amddiffynnol ffwngladdiadau ar gynhyrchu amaethyddol wedi cael ei gydnabod fwyfwy gan ffermwyr. Gyda moderneiddio amaethyddiaeth Tsieina, mae'n anochel y bydd datblygiad ffwngladdiadau yn cyflymu.